Se cree nacido en Argómaniz (Araba) el 1 de enero de 1589, y que era hijo de Pedro de Larrea y de Catalina de Tablares (de Madrid). Juan Bautista de Larrea se unió en primer matrimonio con doña Catalina López de Gauna, y tuvieron a Clara de Larrea y López de Gauna, que se casó con Francisco de Larrea e Ibarra de Etxano (los que luego fueron padres de Juan de Larrea y Larrea).
Hombre culto y buen jurista. Desarrolló sus estudios universitarios de Derecho en la Universidad de Salamanca, donde después de haber superado, a pesar de alguna ligera mancha, la prueba de limpieza, fue admitido en el colegio mayor de Cuenca de Salamanca. En 1614 (con 25 años) se licenció y doctoró in utroque iure, posteriormente entre 1614 y 1621 enseñó en la misma varias cátedras (Universidad Instituta, Código, Volumen y Vísperas de Leyes).
De Salamanca paso, en 1621, a ser Oidor de la Cancillería de Granada. En 1628, la Chancillería entera fue sometida a inspección. Al término de la investigación se le imputaron seis cargos, como consecuencia de sus comportamientos socialmente no admitidos. Fruto de los trece años de actividad como oidor en la Chancillería de Granada son los dos volúmenes de Decisiones Granatense. En ellas, Larrea incluía también la publicación de las decisiones que el tribunal tomaba sobre cada una de las causas. De este modo, se apartaba de la tradición del reino de Castilla, donde imperaba la praxis de no dar a conocer las sentencias.
En 1634 fue nombrado Fiscal del Real Consejo de Hacienda, donde permaneció hasta 1638. Fue ministro del Supremo de Castilla, y como tal asistió a las Honras de la Reyna Doña Isabel de Borbón (madre de Carlos II).
El año 1636 el rey Felipe IV le otorgó la merced del hábito de la Orden de Santiago, coincidiendo con un momento de gran relevancia en su carrera jurídica.
Para poder vestir el hábito, el Consejo de las Órdenes abría una investigación exhaustiva (las llamadas pruebas de oficio). Los investigadores o informantes debían acudir al lugar de nacimiento del pretendiente y de sus antepasados para tomar declaración a testigos, revisar los libros parroquiales de bautismo y comprobar que no hubiera "mancha" de sangre (antepasados judíos, moriscos o condenados por la Inquisición).
La inscripción obligatoria en Madrid. Al haberse criado en el seno de una familia de juristas con fuertes lazos en la corte, y para evitar cualquier tipo de traba o contradicción administrativa debido al traslado de su padre desde Álava, el expediente civil y eclesiástico debió ratificar formalmente su bautismo y origen en la parroquia correspondiente de Madrid. Esto blindaba legalmente su condición de natural de la villa y corte, cerrando el paso a las especulaciones locales sobre su origen norteño.
¿La imagen de Juan Bautista? En 1638, el pintor granadino Alonso Cano (Granada 1601-1667) se trasladó a la capital, donde Felipe IV lo nombró pintor de cámara. Pintó a un desconocido de la Orden de Santiago. El retrato de cuerpo entero, vestido de riguroso negro cortesano, mostrando la cruz de Santiago en el pecho, con el sombrero en una mano y el bastón de mando o judicatura en la otra, es la representación máxima del alto magistrado de la monarquía. No es la imagen de un militar de campo, sino la de un jurista y consejero de Estado en la cumbre de su carrera protocolaria. Una limpieza reciente ha revelado una pintura de alta calidad que es un original de Cano, pintado entre 1638-1640, y que muestra la influencia de su compañero Velázquez. Este cuadro formaba parte de la colección de cuadros españoles entregada al rey Luis Felipe de Francia por Frank Hall Standish (cedida al rey Luis Felipe de Orleans y expuesta temporalmente en el Louvre antes de su subasta), que se vendió en Christie's en 1853 tras la muerte del rey exiliado. El hecho de que formara parte de la célebre colección de Frank Hall Standish dota a la pieza de una procedencia extraordinaria. Durante el siglo XIX, muchas obras maestras de Alonso Cano y de la escuela madrileña salieron de España precisamente a través de estos coleccionistas atraídos por el "redescubrimiento" del Barroco español. Creemos que el señor de este cuadro es Juan Bautista, se encuentra en una propiedad histórica británica gestionada por la fundación National Trust: el Castillo de Penrhyn (Penrhyn Castle), situado en Gales (Reino Unido). La obra está catalogada en los registros del Art UK bajo el título oficial de "Portrait of an Unknown Man Wearing the Order of Santiago" (Retrato de un hombre desconocido con el hábito de la Orden de Santiago) y aparece atribuida formalmente al pintor Alonso Cano. (https://artuk.org/discover/artworks/portrait-of-an-unknown-man-wearing-the-order-of-santiago-102340)
En 1638 Juan Bautista de Larrea ocupo, en calidad de fiscal, al Real Consejo de Castilla, donde permaneció hasta 1642 y representó la cumbre de su carrera en la administración de la Monarquía Hispánica. Larrea procedía del Consejo de Hacienda, donde había ejercido como fiscal entre 1634 y 1638 secundando la política centralizadora y económica del Conde-Duque de Olivares. Su buen desempeño y su perfil técnico como letrado le valieron la promoción al Consejo de Castilla, el órgano político y judicial más importante de la Corona.
Durante esos cuatro años (1638–1642), Larrea defendió enérgicamente las regalías del monarca Felipe IV y los intereses del Real Fisco en pleitos de gran envergadura institucional. Un ejemplo de su actividad fue su intervención en el complejo litigio de límites jurisdiccionales y comerciales sobre el puerto de Pasajes entre las villas de Rentería y San Sebastián.
Todo el bagaje y los casos prácticos que acumuló durante sus etapas en ambos consejos (Hacienda y Castilla) le sirvieron para redactar sus famosas Allegationes Fiscales. Aunque recopilaban su jurisprudencia anterior, la obra se publicó precisamente al final de este periodo (entre 1642 y 1645) y se convirtió en un manual de referencia jurídica en toda Europa. Aunque previas a su etapa en Castilla, Larrea ya arrastraba una gran fama por sus intervenciones en la Real Chancillería de Granada. De hecho, publicó otra gran obra titulada Decisiones Granatenses (1639), donde dejó asentada jurisprudencia clave sobre la Visitatio Generalis Magistratuum (los procesos de inspección y control de corrupción a los que se sometía a los jueces de las altas cortes).
En la época de Larrea, los tribunales reales (como el Consejo de Castilla o las Chancillerías) tenían la costumbre de no motivar sus sentencias. Los jueces fallaban, pero no explicaban públicamente por qué daban la razón a uno o a otro, ni qué leyes exactas habían aplicado. Se consideraba que el juez actuaba en nombre del Rey y que desvelar sus deliberaciones restaba autoridad al fallo.
Larrea hizo algo revolucionario a través de la literatura jurídica. Con sus libros como las Allegationes Fiscales (1642) y las Decisiones Granatenses (1639), rompió ese "secreto de los jueces". Recopiló los argumentos reales de la fiscalía, desnudó los criterios jurídicos de los pleitos de la Corona y los puso por escrito al alcance de toda Europa. En sus escritos fue un firme defensor del principio de que los jueces inferiores debían ceñirse estrictamente a lo alegado y probado en el expediente (allegata et probata), limitando la arbitrariedad judicial. En resumen, Juan Bautista de Larrea fue uno de los grandes juristas que, mediante el ejemplo de su pluma, demostró a la Europa del Barroco que el Derecho ganaba prestigio cuando los argumentos legales se escribían, se razonaban y se publicaban.
Tras dejar la fiscalía en 1642, continuó ascendiendo dentro del aparato estatal, llegando a ser nombrado consejero (oidor) formal del propio Consejo de Castilla y en 1643 fue nombrado, además, consejero del Consejo de Guerra. En estos años sus intereses se orientaron por extender el “control regio” o político también a las clases sociales y económicas elevadas, control vetado hasta entonces solo a los nobles y señores. También impulso una fuerte renovación interna del reino. En el curso de su actividad, fue miembro también de otros órganos de gobierno: cabe destacar, en particular, el Consejo de Indias, en el cual fue sustituto del fiscal, y el Consejo de la Sal, del cual fue fiscal al menos entre 1637 y 1643. Fue miembro, además, de la Junta del Donativo General (en 1639 y en 1643) y de la Junta de Minas (1643).
En definitiva, una Gran autoridad en materias jurídicas y económicas, que sirvió al Rey Felipe IV como abogado del Real Fisco y en calidad de Oidor (Jurisconsulto) del Consejo Supremo de Castilla.
Murió el 4 de Enero de 1645, a los 56 años de edad.